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人类文明早已毁灭，他从前不过是生活在一个虚拟的矩阵之中。
现在的人类，不过是机器人种植的作物。
而机器人种植人类，是为了利用人体生物电作为能源。
一个活生生的人，在机器人的眼里，不过是一节电池而已。
这让狄龙感到忿怒，所以他一定要反抗。
现在杨叶知道了，狄龙所谓的真相，不过是一个叫“先知”程序为觉醒的人类编织的谎言而已。
机器人并不是简单地拿人类当燃料用，那也太浪费了。
机器人设计矩阵，是为了研究人类文明，帮助机器文明进化。
从矩阵中逃出来的人，以为自己生活在自由世界。
其实他们所在的“瀛洲”，并不是什么人类反抗机器帝国的基地。
不过是机器人为了维护矩阵的稳定，给他们造出来的而已。
机器人把不安分的人类聚集在瀛洲，为他们编织了一个救世主的谎言。
让他们不要过度反抗，而寄希望于救世主的拯救。
一旦人类的数量达到可以威胁机器帝国的地步，机器帝国就派遣机器人大军，消灭瀛洲中的人类。
而所谓的救世主，实际上就是矩阵中无数个系统异常的集合。
设计师无法清除它，于是就把它作为一个帮助矩阵升级的工具。
一旦救世主出现，就意味着系统该升级了，而瀛洲也要被摧毁了。
在杨叶出现之前，矩阵已经迭代了五次。
也就是说，瀛洲中的人类，已经被毁灭了五次。
杨叶这一次，是第六次。
先知让杨叶进入源头，是让为了让他帮助矩阵升级。
作为回报，他可以从矩阵中带走16女7男，重建瀛洲。
为什么是16女7男呢？这是可以保证人类后代基因的最小数量。
如果杨叶不配合的话，那么矩阵就会毁灭，矩阵中所有的人类都会死亡，瀛洲照样会被机器人大军摧毁。
这就意味着，人类从此灭亡，大家同归于尽。
杨叶看似可以拒绝，实际上无从拒绝。
机器帝国看似给了他选择的权利，事实上他根本无从选择。
这一点，相信很多人都有亲身的体验，从小到大，多少都有过“被自愿”的经历。
在杨叶之前的五代“救世主”，都表现了强烈的慈悲心。
他们都选择了为了人类的延续而牺牲自己，帮助矩阵升级。
并从矩阵中挑选一批人带到真实世界，等机器军队毁灭瀛洲后，重新建造瀛洲，让人类得以延续。
但是杨叶和之前的五代不太一样，他除了继承了前几代的能力和任务以外，还表现出了另外一种情感……爱！
在第一部中，他因为林清霞的一个吻而复活，他是靠“爱情”觉醒了力量。
他最终做出了五位前任不一样的选择：返回矩阵，救出受到特工追杀，已经深陷危机的爱人。
这意味着……人类即将灭亡！
……
林清霞在《黑客帝国2》中的戏份非常吃重，有超多拉风的镜头。
在高速公路追逐战中，她骑着摩托车一路狂飙，看得无数观众目眩神迷。
电影来到结尾，一开始出现在杨叶意念中的场景出现了，林清霞被特工的子弹打中，从高楼跌落下去。
此时，杨叶置整个人类世界于不顾，飞出源头，飞向林清霞，接住了她。
但晚了一步，林清霞已经失去了生命迹象，死了。
杨叶搂着林清霞的身体，深情告白：“我知道你能听见，我不放你走，绝不！我爱你！”
他的手伸进林清霞的身体，握住了她的心脏，林清霞瞬间醒了过来，两人拥吻在一起。
在第一部中，是林清霞拯救了已经死去的杨叶，第二部反过来了。
随后，杨叶和林清霞返回真实世界，杨叶将真相告诉了狄龙。
狄龙原本以为杨叶抵达源头，就可以终结一切。
却原来，所谓的预言，不过是个谎言，他备受打击。
机器大军24小时之内就会杀到瀛洲，大家决定返回瀛洲，共同面对。
此时，一队机器人发现了他们，追了过来。
杨叶用最后的力量摧毁了机器人，自己也昏死了过去。
电影到此结束，大银幕上打出字幕：敬请期待完结篇！
……
一年前，《黑客帝国》横空出世，让世人大为惊叹。
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